Эндокринологическое отделение специализируется на лечении больных сахарным диабетом, заболеваний щитовидной железы, надпочечников.

Межокружной ревматологический центр создан на базе ГКБ №52 в 2023 году в рамках реорганизации ревматологической службы г. Москвы и оказывает помощь пациентам, нуждающимся:
- в специализированном медицинском наблюдении при ревматологических заболеваниях, включая диагностику, подбор, назначение и выписку специализированных лекарственных препаратов, профилактику осложнений, возникающих в процессе лечения и их коррекции в соответствии с требованием стандартов лечения;
- в стационарной специализированной медицинской помощи;
- в диспансерном наблюдении при выявленном ревматологическом заболевании;
- в получении генно-инженерных биологических препаратах (ГИБП);
- в проведении экспертизы временной нетрудоспособности.

В структуру МРЦ входят консультативно-диагностическое ревматологическое отделение, ревматологическое отделение круглосуточного пребывания, дневной стационар; и кабинет генно-инженерной терапии.

Гематологическая служба включает в себя отделение гематологии и высокодозной химиотерапии, отделение гематологии и химиотерапии, дневной стационар, отделение переливания крови, а также отделение трансплантации костного мозга на 12 боксов и отделение гематологической реанимации на 6 коек (открыты в 2019 г.)

Московского научно-практического центра аллергологии и иммунологии оказывают весь спектр квалифицированной консультативно-диагностической и лечебной амбулаторной и стационарной медицинской помощи пациентам с 18 лет с первичными иммунодефицитами и аллергическими заболеваниями. В структуре Центра - консультативно-диагностическое отделение, дневной и круглосуточный стационары.

Широко используются современные виды экстракорпорального очищения крови у больных с различными видами эндо- и экзотоксикозов, аутоимунными заболеваниями и другими нарушениями иммунитета.

На базе ГКБ №52 работают университетские клиники, созданные в рамках сотрудничества с кафедрами медицинских ВУЗов. Университетская клиника общей терапии объединила научный и клинический потенциал кафедры общей терапии факультета дополнительного профессионального образования РНИМУ им. Н.И.Пирогова и отделения ГКБ №52 — отделение кардиореанимации, отделение кардиологии для больных с острым инфарктом миокарда, пульмонологическое и ревматологическое отделения.